Tööriista valik mõjutab otseselt CNC-freesi töötlemise kvaliteeti ja tõhusust. Levinud tööriistade hulka kuuluvad otsafreesid, kuulfreesid ja pindfreesid, millest igaüks sobib erinevate töötlemisstsenaariumide jaoks.
Töötlemise ajal on ülioluline õigesti seadistada lõikeparameetrid, nagu spindli kiirus, ettenihe ja lõikesügavus. Parameetrite sobimatud seadistused võivad põhjustada tööriista kiiremat kulumist või tooriku pinnakvaliteedi halvenemist.
Lisaks on jahutusvedeliku kasutamine kriitiline; see vähendab temperatuuri, vähendab hõõrdumist ja pikendab tööriista eluiga.

